Прошло три года с момента возвращения «Ямато» с Искандера. Земля отвоевала утраченный суверенитет и вернула Космореверс, после чего между мирами был подписан мирный договор с Гамилусом. В оборонный флот добавили новую силу — передовой броненосец «Андромеда», который возглавил усилия по защите планеты. Несмотря на настойчивые просьбы Старши отказаться от дальнейшей эскалации, Земля выбирает курс на военную экспансии. «Ямато» становится символом достижения так называемого мира, но цена этой миссии оказывается слишком высокой: гибнет множество людей. В это же время богиня Тереза, молящаяся о спокойствии в безграничном космосе, призывает экипаж к новому плаванию. Вокруг нарастает угроза со стороны Гатлантиса, которая расползается по всей вселенной и уже приближается к Земле.
