История фокусируется на 12-летнем Наото Нандабе, чья обычная жизнь неожиданно переворачивается вверх дном после появления загадочной девушки Харуко Харухары. Она на мотоцикле вламывается в его world, сбивает его с ног и позже бьёт по голове своей бас-гитары, что становится началом череды невероятных событий. Уже позже Наото обнаруживает Харуко у себя дома и узнаёт, что та станет его горничной, что само по себе удивительно, но главное начинается потом: из головы мальчика буквально вылезают гигантские машины и роботы, созданные корпорацией «Медикал Механика», что приносит немало проблем и бед самому хозяину головы, а также его новой служанке. В это же время за Наото внимательно следит командир Амарао, подозревающий, что «Медикал Механика» стремится к грандиозной цели — покорению галактики. Стечение обстоятельств втягивает Наото в триединую борьбу между Харуко, Амарао и самой корпорацией, чьи планы ставят под сомнение привычную реальность героя.
