После спорного закона, вводящего комендантский час для несовершеннолетних и ограничивающего доступ к интернету, молодёжь не сдаётся и ищет способы противостоять системе разными методами. В Токио образуется группа сопротивления под названием SIRRUT, решившая попытаться расшатать власть и открыть глаза на происходящее. Их цель — заманить под опеку Фумито Нанахару, влиятельного деятеля, который скрытно держит под контролем столицу. Группа добывает знания через интернет, чтобы поближе познакомиться с Фумито и с загадочной Башней — подпольной организацией, проводившей над людьми странные эксперименты. Попытка SIRRUT провести засаду в метро ради разоблачения Башни приводит к неожиданному появлению таинственных существ, которые начинают атаковать пассажиров. В разгар беспорядков на сцену выходит Сая Кисараги — молодая женщина, владеющая katana и безжалостно расправляющаяся с монстрами. Эта Сая пережила огромные потери после ужасных событий в провинции Укасима. Какие цели преследуют Фумито и Башня, и сможет ли Сая вернуть себе справедливость, — вопрос, который подталкивает к финальной битве и идущей вслед за ней развязке.
