После победы над последним Ангелом Nerv сталкивается с новым противником — самим человечеством, движимым скрытыми планами Seele. Уязвимый и сомневающийся Синдзи Икари вынужден принять тяжёлый выбор: принять существование людей во всей его полноте или отказаться от идеи уникальной человеческой индивидуальности. Параллельно командир Nerv Гэндо Икари готовит грандиозный проект эволюции человечества, прибегая к помощи Рей Аянами и Лилит для реализации своей давней мечты. Судьба мира висит на волоске, надвигается решающая битва, которая может перевернуть всё: не только будущее лабораторий Nerv, но и место каждого человека в эпохе перемен. Это произведение представляет собой альтернативное завершение спорных последних серий цикла, предлагая иной взгляд на финал истории и на темные мотивы, приводящие к новому повороту сюжета. В центре повествования — дилемма личности и коллективной эволюции, ощущение утраты и искупления, а за ними скрываются глобальные вопросы о природе существования и предназначении человека.
