Действие разворачивается в январе 2118 года. Аканэ Цунэмори, исполняющая обязанности главного инспектора Бюро общественной безопасности, получает сообщение об инциденте на иностранном судне и вместе с Ацуси Синдо, главой отдела статистики Минздрава и социального обеспечения, спешит к месту происшествия. По неизвестным причинам расследование передают Исполнительному отделу бюро по координации действий за рубежом Министерства иностранных дел. На борту корабля обнаружена погибшей доктор Милиция Стронская, к встрече с которой Ацуси похвастался как к гостю. По делу оказывается, что за случившимся стоит таинственная группа «Нарушители мира», которую Исполнительный отдел преследовал долгое время. Первый отдел уголовного розыска пришёл к выводу, что нападение связано именно с «Нарушителями мира», нацеленными на исследования Стронской, известные как «Документ Стронской», и формирует совместную группу с Департаментом поведенческих расследований. В команду вступают Шинью Когами, бывший уклоняющийся из Бюро общественной безопасности, и другие союзники. С помощью Дзёдзи Сайги, последнего, кто общался с доктором Стронской, они отправляются в Дэдзиму за доступом к документу. Грандиозное столкновение Аканэ и Когами выводит их на крупный след, связанный с «Документом Стронской». Раскрывается скрытая истина, способная потрясти японское правительство и систему «Сибилла». Это не самостоятельная история — она служит связующим звеном между фильмами «Психопаспорт: Грешники системы — По ту сторону царства» и «Психо-Пасс 3», будто мост между двумя сериями и эпохами мира Психопаспорта.