Третий фильм из тетралогии не повторяет сюжет прошлых выпусков и предлагает собственное развитие истории. После того как Мадока перестроила Вселенную, Хомура оказывается в мире, где рождение новых ведьм больше не происходит. Но горе и отчаяние людей не исчезли: они нашли себе форму в загадочных существах, известных как призраки, против которых продолжают сражаться девочки-волшебницы. Внутри этой новой реальности Хомура сталкивается с одиночество и тревожной ответственностью за судьбы других, поскольку её борьба с прошлым не приносит ей облегчения. В картине появляется новая волшебница по имени Нагиса Момоэ, чьё прибытие вскоре меняет динамику команды и ставит под сомнение принятые правила магии. Фильм исследует мотивы власти желаний, границы жертвы и последствия вмешательства в чужие миры, показывая, как каждое решение влияет на судьбы героинь и само понятие надежды в условиях восстания против установленной реальности.
