В 2013 году идеальный город, известный как зона №6, держится на иллюзии безупречности. В возрасте двух лет Сиону [紫苑] присвоили статус обладателя «высокого уровня интеллекта», и ему позволили жить в роскошном районе Кронос. На свой двенадцатый день рождения он встречает Нэзуми [ネズミ], красивого парня, который сбежал из исправительной колонии. Спасая беглеца, Сион [紫苑], по решению Бюро общественной безопасности, теряет все привилегии и изгнан из Кроноса в так называемый Потерянный город. Четыре года спустя таинственное происшествие приводит Сиона к осознанию существования загадочной Шестой зоны. Ему приходится переосмыслить понятия свободы, власти и справедливости: мир, который казался безупречным, оказывается пропитанным скрытыми законами и опасностями. По мере продвижения через разрушенные кварталы и пустоши Потерянного города он сталкивается с дилеммами, которые ставят под сомнение прежние принципы. Шестая зона хранит ключ к ответам, которые могут объяснить происхождение этой системы и роль самого Сиона в ней.
