Действие аниме разворачивается спустя два месяца после инцидента на подводной лодке Tuatha De Danann, завершившего события первого сезона. Мир организации Мифрил сталкивается с открытием существования таинственной группировки, обладающей технологией, которая позволяет взламывать ECS — систему электронных замков и обходить охрану. Эту загадочную силу зовут Амальгама, и вместе с умением ломать защиту они располагают еще и некой «темной технологией», полученной от загадочного источника, известного как Виспер; именно он влечет следы к Канаме Чидори и напоминает о том же давнем влиянии, которое преследовало спецслужбы. Как и прочие секретные службы, Амальгама не намерена останавливаться на достигнутом и стремится расширять свои возможности. Когда миссия Сосукэ Сагары по защите Чидори оказывается отменена распоряжением «Мифрила», у злоумышленников складываются все элементы плана: на сцену выходят предательство, хитроумные манипуляции и передовые технологии, подводящие к решающему витку заговора Амальгамы.
