В разгар войны между натуралами (OMNI) и координаторами (ZAFT) молодой гражданский координатор по имени Кира Ямато оказывается втянутым в ложившуюся на Землю схватку за недавно созданный мобильный доспех, привезённый Земным альянсом в колонию Гелиополис. Кира учится в техническом колледже на Гелиополисе, и когда ZAFT силой забирает четыре из пяти доспехов, он обнаруживает единственный оставшийся — «Страйк» — и вынужден взять его под управление ради собственной жизни и жизни друзей. В суматохе он снова сталкивается со своим детским другом Асураном Залой, который по иронии судьбы служит в ZAFT и принимал участие в набеге на Гелиополис. Освоив управление Strike, Кира присоединяется к Земному альянсу на борту корабля «Архангел», надеясь защитить близких, но при этом по-прежнему тяжело переносит мысль о том, что ему придётся сражаться против давнего друга и людей, которые когда-то были ему близки.
