Долгая и изматывающая война между человечеством и разумными машинами, известными как механоиды, наконец завершилась перемирием. По мере того как власть механоидов расширилась по галактике и Земля оказалась почти под их контролем, стороны вынужденно согласились на перемирие. Адмирал флота Зеро, герой Великой Галактической войны, сегодня трудится капитаном буксирного судна и, даже утратив на войне всю семью, остаётся непоколебимым защитником Земли. Во время одного задания буксир попадает под удар загадочного пиратского корабля, прозванного «Тенью смерти», и Зеро вступает в бой, который, однако, заканчивается поражением. Позже командование поручает ему новую миссию — выйти на след легендарного пирата, капитана Харлока, чьё имя внушает страх по всей вселенной и считается символом безжалостности. Теперь под флагом Независимого Флота он отправляется в дальнюю экспедицию вместе с бывшим боевым линкором «Кария» и командой, где тесно переплетаются люди и механоиды. Их задача — обыскать всю Вселенную, чтобы найти Харлока и привести его к ответу.
