Действие разворачивается в далёком будущем, где достижения науки и техники становятся частью повседневной жизни и даже применяются в дуэлях на карточках. Главный герой Юма Цукумо мечтает взойти на вершину чемпионата «Дуэльных монстров», однако на старте он остаётся неопытным новичком, лишённым твёрдой тактики и продуманной стратегии. Всё меняется, когда он дерзко бросает вызов местному чемпиону — Рёге Камисиро. Во время поединка рядом с Юмой появляется таинственный призрак без воспоминаний — Астрал. Он объясняет, что память его рассыпана на девяносто девять загадочных карт, известными как «Номеры». Теперь цель юного дуэлянта выходит за рамки простой победы: Юма должен не только стремиться к вершинам турнира, но и помогать этому странному духу вернуть утраченное. Каждое новое сражение приближает его к разгадке тайн Астрала и к восстановлению памяти, одновременно распутывая сеть интриг, охватывающих мир «Дуэльных монстров» и его грядущие сюрпризы.
