История разворачивается вокруг Нанохи Такамачи, девятилетней ученицы младшей школы, которая живёт вместе с родителями и старшими братом и сестрой. Её привычная повседневность внезапно рушится, когда она спасает раненого говорящего горностая, оказавшегося магом по имени Юно Скрая. Юно, археолог из параллельной вселенной, прибыл на Землю с целью добыть двадцать одно Драгоценное Семя — древние и опасные артефакты, впервые обнаруженные им ещё в его мире. Эти Семена даруют живым существам, соприкасающимся с ними, необычные силы, однако часто превращают их в монстров. Ранение от одного из таких существ вынуждает Юно полагаться на Наноху, и во время лечения он принимает форму горностая. Он вручает ей Интеллектуальное устройство — волшебную палочку под названием Raising Heart (досл. «Восходящее Сердце»), и Наноха, неожиданно для обоих, обнаруживает у себя удивительный магический потенциал. Так они начинают сражаться с монстрами и собирать Драгоценные Семена, не догадываясь, что за Семенами охотятся не одни силы…
