За два десятилетия до начала событий истории Танатос — громадный астероид, устремлённый к Земле, достигает Плутона и разрушает его. Удар меняет траекторию космического тела, и Танатос оказывается остановленным, однако опасность для планеты остаётся. Чтобы предотвратить глобальную катастрофу, Международное агентство изучения солнечной системы (МАИСС) запускает секретный проект под кодовым названием «Д» и, найдя в глубинах океана яйцо дракона, завершает создание боевого средства — Драгонавта. Его главная миссия — расправиться с Танатосом и предотвратить его удар по Земле. Но вскоре становится ясно: помимо этой угрозы на планету обрушиваются и неизвестные существа, чьи намерения ещё не ясны. В такие тяжёлые времена юный Дзин Камисина (カミシナ・ジン) становится свидетелем убийства, совершённого одним из существ. Когда он сам оказывается на грани жизни и смерти, его спасает загадочная девушка по имени Тоа (トア). Их встреча открывает дорогу к грядущим испытаниям и загадкам, которые могут перевернуть судьбы целого мира.
