Милая и нередко наивная девушка по имени Кобато [花戸 小鳩] отправляется на Землю, чтобы исполнить заветное желание. Чтобы добиться цели, ей предстоит исцелять сердца людей, наполняя волшебную бутылочку осколками их страданий. Разумеется, её спутником и наставником в мире людей становится Иорёги — могущественное магическое существо, принявшее образ синего плюшевого пса. Прибывая на Землю, Кобато сталкивается с рядом трудностей: она не знает людей и их жизни, а её знания основаны лишь на сведениях из манги. Однако, несмотря на свою странность, оказывается, что она прекрасно подготовлена к миссии: её сердце доброе и сострадательное, и она искренне стремится помогать людям. Кобато быстро завоевывает любовь и восхищение тех, кому помогает, однако самой ей не разрешено показывать чувства к тем, чьи сердца она исцеляет.
