История следует за Майей Кумаширо, дочерью бывшего директора Академии Валдштейн, и Фумиаки Учидой, странствующим во времени путешественником, чьи пути пересекаются там и сям в вихрях времени. В 2012 году Земля сталкивается с вторжением пришельцев, и несколько агентов времени отправляются назад в 1999 год, чтобы найти и нейтрализовать загадочный артефакт, известный как Ключ Нострадамуса; по преданиям он способен привести мир к глобальному апокалипсису. Действие разворачивается именно в 1999 году: Майя возвращается в Академию с намерением занять освободившееся место директора и разрушить учреждение изнутри. Но её планы меняются после встречи с Фумиаки и раскрытия угрозы надвигающейся катастрофы. Пусть Майя и не до конца верит в пророчества, они заключают соглашение и вместе отправляются на поиски Ключа Нострадамуса, чтобы остановить надвигающуюся катастрофу и спасти мир от гибели.
