События происходят в эпоху, когда передовые технологии пронизывают каждодневную жизнь и находят применение даже в карточных поединках. Главный герой Юма Цукумо мечтает стать чемпионом турнира «Дуэль Монстров», однако на данный момент он остаётся новичком без чёткой тактики и продуманной стратегии. Однажды он вызывает на дуэль местного чемпиона Рёге Камисиро, и во время поединка рядом с Юмой появляется загадочный призрак без памяти — Астрал. Он поясняет, что его воспоминания рассечены на девяносто девять уникальных карт, названных «Номеры». Теперь цель Юмы складывается не только в стремлении подняться к вершине мира дуэлей, но и в помощи странному призраку-врачу дуэлей вернуть утраченное сознание. Ему предстоит объединить азарт побед и поиск утраченной памяти: каждый ход и каждая карта приближают их к разгадке тайны прошлого Астрала и к разгадке общего предназначения.
