Аниме разворачивает сюжет в двух временных нитях. Одна из них возвращает нас к инциденту в городке Нибельхайм, где переплетаются судьбы Зака Фэра, Клауда Страйфа, Тифы Локхарт и Сефирота. Вторая временная линия следует за событиями первой и рассказывает о побеге Зака и Клауда из научной лаборатории мегакорпорации Shinra Inc., их стремительном бегстве и опасной игре лояльности. Переплетение двух временных слоёв подчеркивает темы памяти, идентичности и тяжести принятых решений, которые формируют характер и судьбы героев. Визуальное исполнение и динамичный темп сюжета создают резкий контраст между спокойствием Нибельхайма и холодной жесткостью технологического мира Shinra, вынуждая зрителя следить за тем, как прошлое влияет на настоящее. В итоге повествование освещает ключевые моменты, которые предопределяют развитие отношений между персонажами и их участие в более широкой борьбе за свободу и правду.