Стальная тревога! Новый рейд

События аниме разворачиваются спустя два месяца после инцидента на подводной лодке Tuatha De Danann, завершившего первый сезон. Мифрил выходит на след таинственной организации, которая владеет технологией, способной взламывать ECS — систему электронных замков, охраняющую секреты. Эту силу представляет группа под названием Амальгама и помимо прочего она держит в руках некую «тёмную технологию», полученную от загадочного источника, известного как Виспер — того же, что и Канаме Тидори. Как и прочие секретные службы, Амальгама не намерена останавливаться на достигнутом. В момент, когда миссия Сосукэ Сагары [相良 宗介] по защите Тидори оказывается отозванной Мифрилом, всё необходимое для реализации замыслов Амальгамы оказывается разложенным по своим местам и вступает в ход.