Сюжет фильма разворачивается спустя полгода после событий предыдущей части. Фейт Тестаросса возвращается в город Уминари вместе с Линди Харлаун, которая стала её опекуном, и вместе с Нанохой Такамати и их друзьями она ведёт обычную школьную жизнь. Но радостное воссоединение не длится долго: в их мир приходят четверо таинственных магов, владеющих древними заклинаниями и называющих себя Wolkenritter — Облачные Рыцари. По мере того как их замыслы начинают раскрываться, Наноха и Фейт спешат помешать пробуждению могущественного артефакта, известного как «Книга Тьмы». Город погружается в нарастающую тревогу: дружба сталкивается с новыми испытаниями, а ученики и наставники пытаются держаться вместе, чтобы сохранить обычную жизнь и не допустить катастрофы, которая может изменить судьбы всех близких им людей.
