Во многих мирах галактики люди устали от гнета Механизированной империи; на Земле и за её пределами вспыхивают подпольные движения и восстания. Тэцуро Хосино — ветеран бесконечной войны против режима — наблюдает, как силы повстанцев постепенно проигрывают. Сдаваться он не намерен, пока не появляется надежда: на орбиту планеты спускается таинственный Галактический экспресс 999, несущий в себе неземную судьбу. Вскоре в руках у Хосино оказывается послание от Мэйтел, призывающее его вернуться к маршруту 999-го поезда. Вместе с решительностью растущего риска герой хватает за шанс и пробивает охрану станции, отправляясь в путешествие, наполненное секретами и испытаниями. Перед ним раскрываются дороги к отступающим мирам, загадкам прошлого и непредсказуемым встречам. Терминал Андромеды становится новым рубиконом — место, где прошлое встречается с будущим, а дорога к свободе оказывается сложной и опасной, но именно она может изменить саму вселенную.
