После Второго удара мир оказался на грани разрушения, а город Токио-3 продолжает терпеть бесконечные атаки гигантских созданий — Ангелов, чья цель проста и пугающе жестока: уничтожить человечество. Синдзи Икари, три года не встречавшийся со своим отцом, получает неожиданный телефонный звонок с требованием немедленно явиться в штаб-квартиру Nerv, организации, стоящей на передовой борьбы против Ангелов. В Nerv для противостояния врагам используют огромных боевых роботов — Евангелионы. Именно Синдзи предстоит pilotировать Еву-01 и начать работать в паре с пилотом Евы-00 — Рей Аянами. По приезде он осознаёт, что от его участия может зависеть не только судьба города, но и целый ряд загадок, скрытых за войной с Ангелами. В атмосфере тревоги, ответственности и сомнений Синдзи сталкивается с испытанием, которое может изменить его жизнь и будущее всего человечества.
