После двадцати тысяч лет Харуо Сакаки возвращается на Землю и обнаруживает, что планета изменилась до неузнаваемости. Природа и фауна здесь стали хранителями символов самого Годзиллы, а сама Земля превратилась в мировое владение гигантского чудовища высотой около трёхсот метров. Людство держится на грани вымирания и вынуждено вести непрерывную борьбу за выживание в новом жестком мире, где каждый день приносит новые угрозы и сомнения. Жаждущий победы над титаном и желания вернуть Земле мир Сакаки встречает на планете потомков древнего народа Хутуа. Близнецы Маина и Миана направляют его к остаткам древнего оружия против Годзиллы — Меха-Годзиллы, который всё ещё жив и эволюционирует в форме самогенерирующегося нанометалла. Теперь Харуо предстоит открыть целый Град Меха-Годзиллы — город, сотканный наноматериалом за многие поколения, способный уничтожить чудовище и дать человечеству шанс сохранить своё существование на планете. Но путь к победе оказывается опасным и непредсказуемым: враг не подчиняется старым законам, и каждый шаг несёт риск, предательство и неизвестность.
