Это прямое продолжение киноленты Аркадия моей юности. Война против могучей империи Иллюмидус, которая поработила и разрушила все обитаемые миры, завершилась поражением человечества: Земля оказалась под контролем инопланетян. Харлок и его союзники объявлены врагами народа и изгнаны с планеты. Но Иллюмидус на этом не остановился — агрессия продолжается, и сила чужаков растет. В числе главных героев остаются Харлок, Тотиро и Эмеральдас, и они оказываются в розыске под кодовыми обозначениями S-00999, S-00998 и X-00001. Разыск продолжается, а сами капитаны — последняя надежда цивилизации — вынуждены держаться на усталой границе между свободой и угрозой. Пытаясь бороться не только с Иллюмидусом, но и с бесчисленными охотниками за наградой, готовыми сорвать жеребий ради лёгкой добычи, они идут вперёд. Земля остаётся под давлением, и единственные защитники планеты продолжают свой путь, сталкиваясь с новыми испытаниями, опасностями и противниками на бескрайних просторах космоса.
