После того, как Япония пережила годы послевоенной нестабильности, здесь создали секретную службу, призванную бороться с терроризмом и экстремизмом в регионе Тихоокеанского бассейна. Задача была настолько серьёзной, что в неё брали только выдающихся специалистов. Кого могли пригласить в такой отдел? Разумеется, ниндзя. Сначала агентство действовало на территории страны, но затем сфера его ответственности разрослась до глобальных масштабов, и ниндзя стали заниматься международными делами; численность сотрудников достигла двадцати тысяч. Одна из них — Куро Кумогакурэ — семнадцатилетний школьник, который кажется неудачником, но мечтает стать неотъемлемым звеном в цепи защитников, охраняющих мир от чужих преступников. Сама идея звучит впечатляюще, однако Куро ещё учится в старшей школе: он устроился на работу в агентство на неполную ставку и вынужден балансировать учёбу с параллельной службой и множеством повседневных забот. Так начинается история молодого ниндзя, которому предстоит превратить слабости в силу и найти своё место в мире, где каждая миссия может оказаться выше его возможностей.
