Прошло почти тысяча лет с тех пор, как загадочная раса Гауна разрушила Солнечную систему и поставила человечество на грань вымирания. Выжившие нашли убежище за пределами Земли на огромных космических кораблях «Сидония», ставших и жилищем, и плацдармом сопротивления в безвоздушном просторе. Неизвестные враги непрерывно угрожают людям, потому жители планеты научились конструировать и осваивать пилотируемые боевые установки — передовые мехи, способные противостоять чудовищам в жестокой борьбе за существование. В центре сюжета — Нагатэ Таникадзе, чья детство прошло в изоляции на одном из кораблей. Его обнаружили и заметили необычный талант управления боевой техникой, после чего он начал обучение пилотированию и присоединился к смелым союзникам-пилотам. Теперь он ведет тяжёлую и бескомпромиссную войну против Гауна вместе с другими операторами мехов, защищая оставшуюся часть человечества и веря в возможное спасение цивилизации.
